#2 no miente y tus mismos artículos te quitan la razón.
La dependencia funcional es de quien dices PERO en sus respectivas competencias.
Y el Secretario de Defensa ni el Subsecretario tienen competencias en emergencias de una CCAA.
De ahí, que hay otras leyes, que son las que un presidente de una CA declara un estado de alerta mediante petición con el delegado de gobierno de turno se activa a la UME y este queda supeditado al presidente de dicha CA.
Otra cosa es si el gobierno hubiera declarado el estado de emergencia, que perfectamente hubiera sido la otra vía.